Сериал разработан по мотивам легенд артуриановского цикла о мифическом волшебнике Мерлине и его отношениях с принцем Артуром. Образы главных героев, как и события сериала, значительно отличаются от традиционных версий легенды.

Сюжет:
Королевство Камелот погружено в хаос. Чародейство и волшебство сеют смуту среди людей. Пришедший к власти Утер Пендрагон запрещает колдовство под страхом смерти, изгоняет волшебников, убивает всех драконов, оставляя в назидание лишь одного. Через 20 лет в Камелот прибывает Мерлин, уроженец маленькой деревушки, рождённый с волшебными способностями. Он становится помощником придворного лекаря, Гаюса, который помогает ему найти предназначение его даров.

Выполняя одно из поручений Гаюса, он ввязывается в стычку с воином, который оказывается сыном короля, Артуром, и попадает в тюрьму. Там он впервые слышит зов дракона, не доступный никому из обычных людей. Этот голос преследует Мерлина во сне, и в конце концов он следует ему в подземелье замка, где заточен дракон. Он открывает Мерлину, что его предназначение — помочь принцу Артуру, будущему королю Камелота, объединить враждующие королевства острова Альбион.