Немецкая армия оккупировала Киев 19 сентября и со следующего дня специальные подразделения СС начали подготовку выполнения приказа Гитлера об уничтожении всех евреев и советских официальных лиц. Первый расстрел произошёл 27 сентября - были уничтожены 752 пациента психиатрической больницы им. Ивана Павлова, которая находилась вблизи Бабьего Яра. В этот же день немецким комендантом города был издан приказ всем евреям вместе с вещами появиться 29 сентября с документами и ценными вещами в сборный пункт у Бабьего Яра для эвакуации.

Утром 29 сентября более 30 000 евреев прибыли на северную окраину Киева небольшими группами. Их расстреливали по 30-40 человек и сбрасывали в ров. После того как он наполнялся 2-3 рядами тел, мертвых присыпали землей. За два дня в Бабьем Яру зондеркомандой 4а под командованием штандартенфюрера Пауля Блобеля и при поддержке двух подразделений полка полиции «Юг» было расстреляно 33 771 человек. Следующие расстрелы евреев прошли 1, 2, 8 и 11 октября 1941 г.

К 1943 году Бабий Яр стал местом расстрела в 200 000 человек

В течение 1941-43 гг. в Бабьем Яру было расстреляно 621 члена Организации украинских националистов, 100 матросов Днепровского отряда Пинской военной флотилии, уничтожено 5 цыганских лагерей. По оценкам, за три года в Бабьем Яру было расстреляно от 70 000 до 200 000 человек. Кроме того, в Сырецком концлагере, где содержались бывшие коммунистические активисты, пидпильникы и военнопленные, за годы войны погибло более 25 000 человек. Когда началось отступление немецкой армии с территории СССР, нацисты пытались скрыть следы преступлений - им удалось эксгумировать часть тел и сжечь их, но остались многочисленные свидетели и криминалистические доказательства расстрелов мирного населения Киева.

В послевоенное время прошли судебные процессы над виновниками расстрелов в Бабьем Яру. Начальник айнзацгруппы Блобель был приговорен к смертной казни, генерал-майор Курт Эберхард, который отдал приказ о расстреле, умер, не дождавшись приговора; генеральный комиссар Киева Хельмут Квитцрау к ответственности не привлекался и умер в 1999 г.